母婴传播的乙肝很难治疗，可能部分婴儿自身抵抗会阴转但是概率极低，目前对于婴儿感染乙肝也不需要治疗，在24小时内如果打了乙肝免疫球蛋白，还是有可能恢复的，新生儿发现患有乙肝还是要及时去医院治疗的。
为了有效的预防乙肝病毒的传染，乙肝疫苗的免疫接种纳入基础的接种范围以内，孩子出生以后，按照0-1-6月份的时间进行正规的疫苗接种。新生儿的母亲是乙肝病毒感染者，尤其是大三阳的患者，孩子出生以后，除了正规进行疫苗的接种，还需要使用乙肝高效价免疫球蛋白，一般在出生后24小时内尽早使用，然后在半个月以及一个月的时候，分别再次使用，可以有效的预防乙肝病毒的垂直传染的发生。
新生儿阻断乙肝失败原因是，乙肝病毒高水平复制的母亲尽管新生儿接种了乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白，失败的原因主要是宫内感染。宫内感染多发生于妊娠7个月以后，妊娠后期服用可以降低乙肝病毒高水平复制母亲所生新生儿的母婴阻断失败率。
一般是在生后24小时就可以打的了，孩子出生以后，应该及时的给孩子在身体的不同部位进行乙肝疫苗以及乙肝高效价免疫球蛋白的接种，是在24小时以内，时间越早越好。如果母体的病毒量比较高，应该在孩子出生以后的第15天以及第30天，分别再次进行两次乙肝免疫球蛋白的接种，可以有效的预防母婴垂直传播的发生。
出生时乙肝疫苗（基础）。一个月打乙肝疫苗（基础）。六个月加强乙肝疫苗（基础）。没有按时接种的话要到当地的疾病预防控制中心及时补种，才能对宝宝起到有效地预防传染病的作用。
新生儿乙型肝炎，整个国际上也没有很好对因治疗。一些抗病毒药物，目前也没有临床证实新生儿使用很有效。所以它没有特效治疗，主要还是对症和护肝治疗。护肝是使用保护肝脏药物，同时补充维生素C以及补充足够的能量。另外，干扰素和转移因子可以试用，但目前在新生儿的治疗判断，疗效还不特别明确。