儿童如果只是在睡眠中咳嗽，很有可能是因为胃食管反流症或过敏性咳嗽。胃食管反流的症状有：睡觉前不要吃太饱，枕头稍微抬高，可以口服一些促进胃肠功能的药物，比如吗丁啉，尽量少吃。过敏性咳嗽要做好过敏原的检查。另外，还应该对鼻咽部进行检查，看看是否有扁桃体增大，以及腺样体是否有肥大。找出病因，再进行进一步的治疗。
一般情况下，宝宝睡觉时咳嗽厉害，可能是由于过敏性咳嗽引起的，一般是在晚上突然发作，呈是阵发性、持续性干咳，这时候要及时远离过敏性的来源，口服沙、特布他林等抗过敏性的药物。也可以口服感冒清热颗粒，也可以让孩子多饮一些生姜红糖水，能够帮助孩子出汗散寒，减轻咳嗽。平时应尽量让宝宝吃比较清淡的食物，并注意休息。
一般情况下，宝宝睡觉就咳嗽厉害怎么办需根据实际情况来判断，具体内容如下：
孩子在睡眠时会出现剧烈的咳嗽，可能是因为孩子有气道高反应性、鼻后滴注综合症、哮喘等症状。治疗的办法是如果咳嗽有痰，可以服用一些头孢、阿莫西林等抗炎药物；或者服用孟鲁司特等减少呼吸道高反应率的药，如丙卡特罗，沙丁胺醇等气道扩张剂；还可以使用如布地奈德，吸入性的沙丁胺醇等，可以在宝宝的睡眠状态下进行雾化。
患儿如单纯睡觉时咳嗽，可能与胃食管反流和过敏性咳嗽有关。胃食管反流方面主要为睡前不宜进食过饱，枕头略微抬高，可给予促进胃肠动力药物，少吃是关键。过敏性咳嗽宜检查过敏原。鼻咽部也应检查，观察扁桃体有无肿大。
发热是人体的一种免疫反应考虑是病毒或者细菌感染引起的，发烧后咳的厉害，考虑还是细菌或者病毒感染引起的上呼吸道感染，或者是支气管肺炎等，可以适当的口服药物进行治疗。
需要先让宝宝选择合适的睡姿，减轻呼吸道的刺激。重点是带孩子到医院检查嗓子，化验一下血象看是否存在细菌感染，再对症治疗。建议多喝些温开水，注意保暖，避免受凉，要睡足觉，喝足水，多吃蔬菜和水果，饮食要易于消化且富有营养，应以清淡为主，避免油腻、辛辣刺激等食物。