卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。
面部囊肿，影响美观，需要手术治疗。面部囊肿多是皮脂腺囊肿。皮脂腺囊肿俗称“粉瘤”，主要由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。是临床上比较常见的良性病变。可发生于任何年龄。以头皮，颜面部，颈项，胸背部多见。多数没有症状。可以手术切除。
一般情况下，中医治疗卵巢囊肿的方案有药物治疗、针灸等，具体内容如下：
如果是卵巢囊肿，会出现月经不调、腹痛等症状，并且腹部会变得沉重，就好像是压了一颗石子。在中医上，如果是生理性的卵巢囊肿，可以服用口服避孕药进行鉴别，如果是传染性的卵巢囊肿，可以服用一些中药使其缩小或者消失，可以采用口服的中药进行调理，或者是灌肠，或者是针灸。一些女性卵巢囊肿可以通过服用药物来治疗，但不能完全根治，需要通过服用药物来达到缓解症状，或者是持续生长。
肛周囊肿早期主要表现为局部红肿、疼痛，由于脓肿尚未完全形成，波动感不明显。囊肿初期的治疗方法是进行局部坐浴，促进周围囊肿的吸收，同时使用抗菌消炎类药物治疗。如果囊肿形成，需要及时手术切开引流。
肝囊肿手术主要是在腹腔镜下开创引流术，主要是将肝囊肿的囊壁打开，让囊液流出来达到治疗的目的，还有是肝囊肿的穿刺引流术，穿刺引流术容易囊肿复发，比开创引流术效果要差一些。
宫颈囊肿药物治疗效果不是太好，如果宫颈囊肿伴有宫颈炎时，可以考虑做微波、中星光、冷冻等物理治疗。宫颈囊肿一般是慢性宫颈炎刺激引起的，宫颈腺体分泌后排出不畅就会引起腺体堵塞形成囊肿，没有症状时不需要治疗。
