这个有很多因素如遗传因素：约占习惯性流产的4.5%25%，如胚胎染色体的异常，流产多发生在妊娠8周以内。内分泌因素：约占13%2%，如卵巢黄体功能不全，亦早期流产的常见原因。生殖器官异常：约占12%15%，如子宫发育不良，宫颈内口功能不全症等，多引起晚期流产。感染因素：占2%，如病毒或细菌感染，一方面可导致胚胎的发育异常，另一方面可引起生殖器官的炎症，不利于孕卵着床。
习惯性流产一般是一种妇女在每次自然流产后，持续两次或更多。经常做人流会造成子宫内膜太薄，不适合胎儿发育，这是造成习惯性流产的主要因素。也有可能是精子品质不正常、卵子品质不正常所引起的。
如果女性和女性都有遗传缺陷，那么就会出现习惯性堕胎。还有一些患了疱疹病毒和弓形虫的妇女也会有此症状，因此在进行习惯流产后要进行详细的体检，明确病因后再进行治疗。