通常情况下，卵巢囊肿能治好。
卵巢囊肿一般为生理性，特点是单侧壁薄，如果直径小于8cm没有腹痛等不适症状，可以密切观察，一般2-3个月会自行消失。如果卵巢囊肿的直径大于8cm，或者持续性地长大，考虑卵巢肿瘤的可能性比较大，要进行手术治疗。手术有开腹手术和腹腔镜手术两种途径。卵巢囊肿的手术，需要根据患者的年龄、生育要求、对侧卵巢的情况来决定手术的范围。巨大的良性卵巢囊肿可以穿刺放液，待体积缩小以后把它取出，但穿刺前需要保护好切口周围的组织，以防囊液污染到其它地方，放液的速度也要缓慢，以避免腹压忽然之间降低。卵巢囊肿需要早期积极治疗，大多数都可以治好。
卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
卵巢囊肿的大小，可以通过自己躺在床上，平躺着然后按压小肚子两侧卵巢的位置，看看是否能够摸到肿块，这也是检查的办法之一，不过这种检查不是很准确。检查方式还是通过B超检查，能够测出囊肿的大小，也能预估生长的速度，判断也更为准确。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
如果是比较小的卵巢囊肿，患者吃中药有一定的效果，某些中药有抑制卵巢囊肿生长的作用，可以使卵巢囊肿缩小，可能会治愈，具体的用药方案或中药药方，建议咨询中医医师来确定。但对于超过五厘米或者恶性的卵巢囊肿患者，属于较大、较严重的情况，服用中药通常是没有效果的，部分西药的治疗一般效果也不明显，而需要及时进行手术治疗。