长期吃益生菌的后果是容易过敏，反复感染，尤其出现反复胃肠道感染以及消化不良等，肠道的微生态系统不太正常，也应该补益生菌，作为大一点的小孩或者肠道微生态系统还比较好，也没有相应临床症状，则没有必要长期补益生菌。
一般情况下，婴儿益生菌是不建议随便服用的，长时间用药有可能有依赖性。具体内容如下：
如果宝宝胃肠功能不好、腹泻等症状，可以口服益生菌，但不宜长期使用。口服一段时间的益生菌可以让孩子在消化道功能完全康复之后停止使用，日常生活中要注意饮食规律、腹部保暖、避免暴饮暴食、避免一次吃太多的补食。家长可在患儿身体耐受下带领其适当运动，增强体质，提高免疫力。患儿家长应遵医嘱按时带患儿复查，一般建议患儿每半年复查一次。
肠道益生菌，益生菌实际上是对人体有益的一些活性的微生物。顾名思义，益生菌是可以发挥有益作用，有活性的，有益的微生物。它可以对肠道健康起到一定的功效，可以维护肠道的生态平衡。
益生菌是肠道保持平衡促进营养吸收的根本，可以有肠道自己产生，当人体服用抗菌素，或者摄入的维生素缺乏的时候会造成繁殖减少，比较多的服用益生菌不利于肠道自身的产生所以请尽量不要长期服用，可以间断给药。
益生菌是肠道中的一种必需的有益细菌，主要作用是改善腹泻、便秘，调节机体免疫力，防止过敏等。另外，益生菌在一定的程度上也起到抗肿瘤、治疗疾病的作用。益生菌还可以产生各种消化酶，并且能够缓解由于饮食不当或者有长期运用抗生素导致的菌群紊乱等。而且益生菌还对女性生殖系统的感染有一定的预防作用。
治疗或者预防便秘或腹泻发生；增强人体的机体免疫力；促进营养物质吸收；防止泌尿生殖系统感染；降低胆固醇；预防骨质疏松；益生菌如果是含有乳杆菌，可以治疗乳糖不耐受症。