由于试管婴儿治疗中需要用药物进行促排卵治疗，容易出现卵巢过度刺激综合征，卵巢扭转。试管婴儿治疗需要进行取卵手术，可能出现手术感染，出血，以及脏器的损伤。为了提高试管婴儿的成功率，会给患者移植超过一枚的胚胎，就会出现多胎妊娠的情况。多胎妊娠可能增加早产率，流产率以及产科的各种并发症。此外试管婴儿也有可能出现宫外孕。
试管婴儿后长期卧床的坏处是会导致女性的腰酸背痛，身体僵硬，反而使精神紧张。而且这样一直躺在床上，注意力全部都会集中在肚子上，努力地尝试感受肚子里的变化，然后各种思考胚胎在哪里，这样的患者估计翻个身都感到害怕。长时间卧床还可能会引起便秘，长期卧床容易形成静脉血栓，卧床后血液的流动缓慢，而这对于高龄的患者，高凝状态的患者，肥胖的患者特别的危险，特别容易增加血栓性疾病发生的风险。
降调节是试管婴儿促排卵方案的一个步骤，主要用于长方案。通过使用促性腺激素-激动剂达到抑制体内的卵巢功能，为后期的促排卵药物使用做准备。主要起到是卵泡同步化发育和避免出现早发性的LH峰，为后期的取卵提供足够的卵泡来源。
试管婴儿流程男女双方的体检，女方超促排卵和男方调整精子活力，取卵，实验室的培养以及胚胎移植技术，黄体支持，因为试管婴儿必定会造成一定的黄体功能损失，所以通过补充黄体酮来进行黄体支持。
试管婴儿缺点是试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出，受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大，流产率约高于5%。
