霉菌性食道炎可通过使用药物进行治疗。霉菌性食管炎主要是由白色念珠菌入侵食管黏膜，而形成的一种溃疡性伪膜性感染所致。主要是给予抗真菌治疗，胃镜发现的时候可以喷洒药物，起到杀菌的作用，而且副作用也比较小。平时不要滥用抗生素和激素药物，治疗使用中药常见有锡类散、云南白药、大蒜素等，西药常见有制霉菌素、二性霉素B、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等，对抗霉菌治疗均有效。
经检查，霉菌性食管炎应得到良好治疗，正是霉菌感染引起的食管炎症的表达可以通过活性抗霉菌药物得到有效改善。然而，应注意饮食中少吃腌制食品，以免加重霉菌感染。同时，可以用药物来保护胃粘膜，效果会更好。
霉菌性食道炎吃抗生素、二性霉素B等药。
霉菌性食管炎可以口服抗生素、二性霉素B、伊曲康唑、锡类散、酮康唑等，还可以口服益生菌、嗜酸乳杆菌等调理肠胃菌群。吃药需要在医生的指导下进行用药，以免病情恶化，出现不良反应，对身体健康造成一定威胁。
日常生活中，应当注意饮食方面可以多吃新鲜的蔬菜、水果，帮助适当补充维生素C、维生素E。
食道炎大多在2-4周内形成临床痊愈，但停药后多可复发，所以食道炎的疗程一般在八周左右。
需要注意的是，如果患者是由于胃酸返流到食道，引起反流性食管炎的话，一般恢复的时间较长，通常需要3-4周的时间才可以逐渐恢复。同时患者应该积极注意忌食酸性，或者是辛辣刺激的食物，减少胃酸对食管黏膜的刺激，从而促进这种疾病早日恢复。
直肠炎可以用肛门，药剂治疗。真菌性食管炎是由白念珠菌感染引起的。严格控制抗生素的适应症。可以用抗真菌药物来进行治疗。可以进行碳13呼吸试验来确定是否存在幽门螺杆菌感染。
患有食道炎，患者可以吃以下饮食：
患有食道炎，患者可以少吃一些比较油腻的东西，可以吃一些富含膳食纤维的食物，比如新鲜的蔬菜和瓜果，这些都是有益于人体的营养补充。多吃些高蛋白质。食管炎的人尽量不要吃高脂食品，以免引起胃的反流性，也不要吃太多的东西，比如：巧克力、浓茶、汽水等。日常生活中要多加留意不要吃得过饱，做到七成饱。