功能性消化不良尚无特效药，更多的是选择对症下药，如抑制胃酸分泌药：适用腹痛伴有反酸为主要症状者。促胃肠动力药：适用于腹胀、早饱、嗳气为主要症状者。或选用调理性的中成药如四磨汤口服液，此药可以顺气降逆、消积止痛，有利于缓解多种肠胃不适症状。
用药时，患者首先应正确认识该疾病，明白其发病原因。养成良好的生活习惯，注意饮食卫生。避免暴饮暴食，饮食以清淡为主，多食易消化的食物，少吃油腻、辛辣刺激性食物。避免过量饮酒、吸烟，对便秘者可多吃香蕉等水果和蔬菜，经常按摩腹部，保持大便通畅。养成饭后活动的习惯，睡前不要进食。
儿童功能性消化不良腹痛，可以在医生指导下服用婴儿健脾散胃肠安丸等药物治疗。
儿童功能性消化不良，通常是因为日常饮食不当引起的，主要症状有厌食、恶心、呕吐、腹痛、腹胀等，患者除了通过口服药物以外还可以在日常生活中多给宝宝按摩腹部，促进胃肠道的蠕动，加快身体的代谢。
日常生活可以多带宝宝运动，可以有效的促进人体对食物的消化吸收。
儿童功能性消化不良，可以在医生的指导下服用促进胃肠蠕动的药物。
促进胃肠蠕动的药物有四磨汤口服液、儿童健胃消食片、乳酸菌素颗粒、小儿健脾开胃合剂等，这些药都可以治疗胃肠道紊乱，减少胃肠的负担，在服用药物时切不可私自盲目增加或减少药量，一定要在医生的指导下服用，避免出现不良反应。
饮食上要吃易消化的食物，例如胡萝卜、山药等。
老年人功能消化不良需要养成良好的生活方式，合理膳食，营养平衡，膳食结构的调整，有利于病情的好转。
(1)病人要注意节食，避免过量进食，饮食要以清淡为主，避免吃辛辣辛辣、生冷的食物。
(2)多吃蔬菜、豆制品、海鲜等维生素和微量元素含量丰富的食物。
(3)多吃辛辣的食品，会影响到脾胃的正常运行和腐烂，从而加重病情。
功能性消化不良可采取中成药治疗，一般可以吃大山楂丸、大山楂丸、木香顺气丸等药物。
常用中成药如木香顺气丸、木香顺气丸等理气宽中、消食导滞，对功能性消化不良有良好疗效；此外还可促进胃肠蠕动、改善消化不良症状；枳实导滞丸、枳实导滞丸能理气消积、消食除胀；或还可选用大山楂丸、大山楂丸等消食化积、改善消化不良等。
儿童功能性消化不良，可以多吃一些高纤维的食物，比如芹菜、玉米等，还可以在医生指导下服用婴儿健脾散、鸡内金等药物调理。
儿童功能性消化不良，一般会出现腹痛、早饱厌食、恶心、呕吐等症状，除了口服药物以外，还可以每天给宝宝顺时针按摩腹部，促进胃肠蠕动，有效的缓解儿童消化不良的现象。
日常生活中饭后可以带孩子进行适当的运动，促进人体对食物的吸收。