巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，发病机理，具体也不清楚，但是有可能与经血逆流，医源性种植，淋巴和静脉播散，遗传，免疫异常炎症等有关，有可能会引起痛经，如果严重的，还可能会影响以后怀孕，如果巧克力囊肿比较小的，可以考虑用药物治疗，如果囊肿比较大，一般是需要手术治疗的。经期要避免性生活，尽量不做流产，有可能减少子宫内膜异位症的发生。
巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
会。巧克力囊肿是一种常见的妇科疾病。一般巧克力囊肿多数发生于25～45岁的生育年龄妇女，但是个别青少年女孩雌性激素高的也会有患有巧克力囊肿的情况。巧克力囊肿严重危害女性身体健康，所以当患有巧克力囊肿的时候一定要尽早治疗。
巧克力囊肿一般都需要手术来治，但是目前很多手术后又复发了，中医中药对的疗效也不是太高的且疗效不稳定。在手术前试服用一个疗程45天中药看看，毕竟手术是最后一步的选择！但手术后要及时服用药物来防止复发。
生了孩子还会得巧克力囊肿，巧克力囊肿是子宫内膜脱异位到卵巢上，在月经来潮是伴有腹部剧烈疼痛或抽搐，破裂后会发生急剧腹痛，及时手术治理，宫腹腔镜下剥离，术后不在复发。