肾积水较轻，病情进展缓慢，肾功能已达平衡和稳定状态可观察，但应定期检查了解积水进展情况。可自行解除的梗阻，如孕妇生理性肾积水。肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
对于肾结石，肾积水等疾病，仍需结合具体患者情况具体分析。
由于对不同严重程度肾积水和不同尺寸肾结石所采用的治疗方案有所不同。因此对于肾结石肾积水患者来说，还是要先去正规的医院做一个细致的检查，用CT泌尿系彩超或X线等检查清楚患者具体的肾结石尺寸，肾结石位置和肾积水轻重，进而才能确定更好治疗方法。
对较大肾结石、较严重肾积水通常需手术治疗，对较轻肾积水、较细小肾结石则可采用保守治疗。若保守方法疗效不佳时，则考虑再次手术。
肾积水治疗通常有保守治疗还有手术治疗。如果是肾积水比较轻，病情进展也比较缓慢，肾功能已经达到平衡稳定，可以注意定期复查，了解肾积水有没有进展。肾积水可以引起反复尿路感染，影响肾功能。
去除肾积水的病因，保留患肾，如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因以后，往往会获得良好的效果。手术方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部狭窄，可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可用内腔镜，就是腹腔镜来进行，术后肾积水及肾功能就会有明显的改善。