一般情况下，新生儿衣原体感染会有呼吸道症状、结膜不适等症状表现。
1、呼吸道症状：新生儿衣原体感染主要出现呼吸道症状，如发热、咳嗽、咳痰、咽部不舒服、重症肺部感染，也可能出现呼吸困难和呼吸衰竭。
2、结膜不适：结膜分泌物初为浆液性，很快变成脓性，眼睑水肿明显，结膜充血显著并增厚，严重的可能也会影响视力。
新生儿衣原体感染后，经过积极治疗一般要一个多月才会痊愈。
新生儿衣原体感染后可以口服喹诺酮类、大环内酯等药物，同时还要注意对新生儿进行护理，还需要注意身体的保暖，对患者进行常规的跟踪和检测，以确定治疗的疗效，如果出现病情反复，需要及时采用注射药物治疗。
新生儿衣原体感染严重。
新生儿衣原体感染可会导致新生儿出现结膜炎、肺炎等病变，引起眼睑水肿、低热、气促、咳嗽等症状，一般发生于出生后5~14天，初期为粘液，随后迅速化作脓性，并且还有部分临床表现以鼻充血、咽炎等上呼吸道感染的症状为主，一般不会出现发热的症状，也不会出现明显的中毒症状。
一般情况下，新生儿衣原体感染的治疗方法有，使用药物、日常护理等。具体内容如下：
1.使用药物：家长应及时带新生儿前往正规医院就医，在医生指导下使用红霉素软膏、阿奇霉素片、利福平滴眼液等药物进行治疗。
2.日常护理：家长还应注意新生儿的日常护理，保证新生儿的清洁卫生，还应给新生儿准备充足的母乳或奶粉，改善生活环境，促进新生儿的身体恢复。
一般情况下，新生儿胆红素脑病，每个疾病的发展阶段，有不同的症状。
1.警告期：症状为嗜睡、吸吮反射减弱、肌肉紧张、偶尔出现尖叫声、呕吐等症状，大部分症状持续12-24个钟头。2.痉挛期：轻度的新生儿只有两只眼睛注视，有阵发性肌肉紧张；严重的病人，双手握拳，前臂内翻，角弓反张，或发出尖锐的叫声，大约12-48个钟头。
3.恢复期：多数在第一个星期开始，开始有逐渐的恢复对外部环境的反映，接着抽搐逐渐减轻，直至完全消失。
4.后遗症期：一般发生在新生儿出生2个多月以后，主要症状是肢体徐动，眼球运动障碍，耳聋，智力障碍，或牙釉质的生长。
新生儿撤药综合征的症状表现为：
1.中枢神经系统兴奋症状：新生儿撤药综合征可出现颤抖、易激惹、警醒度增强、听觉过敏、睡眠困难、高音调哭声、惊厥、啃手指等症状。
2.消化系统症状：新生儿撤药综合征可能会导致胃肠功能失常，不协调、反复不间断的吸吮和吞咽动作。
3.自主神经方面体征：多汗、鼻塞、频繁打呵欠和喷嚏、流涎、皮肤发花或肤色潮红、发热、体温不稳定。