肛周囊肿治疗主要采用手术方法。位于肛门口或者肛周皮下的囊肿，可以选择切开，并且要仔细地分离病变，避免残留。手术以后还需要抗感染治疗，在围手术期应该叮嘱病人流质饮食，避免形成干质的粪便，以免导致局部的污染。治疗是定期进行换药，注意局部卫生。
肛周囊肿早期保守治疗，可以药物治疗，并辅以中药清热解毒，理疗等方法辅助，也可以做手术治疗，另外也在饮食上要多加注意，多吃一些清淡富含纤维比较高的食物，多注意运动。
通常肛周的脓肿疾病属于肛门传染性的直肠性化脓疾病，该病在临床上属于肛肠科的急重性的疾病，所以需要病人及时进行治疗，通常大部分病人接受了正规的治疗后，病症都可以得到改善。如果药物进行治疗不理想的病人，只能采取手术进行治疗，目前该手术治疗只属于小型的手术。
可以的，及时去医院检查一下，早期是比较好治疗的，对症治疗，自己不要随意的用药，避免病情加重。要切实做好肛门护理才能阻止恶化。护理要点有：坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，每天用消炎药水熏蒸坐浴。
早期可以使用药物试试，如果药物效果不好，必须要马上手术。这种病是因为细菌的进入，引发感染所造成的。而且肛周脓肿会疼痛难忍，要保持舒畅的心情，不要有太大的心理负担。注意休息，多吃水果蔬菜，还有一些粗纤维的食物。注意肛门处的清洁，保持卫生，以免感染加重。