克罗恩肛瘘采用切开或挂线的方式进行治疗，如果伤口恢复的比较好，局部没有肿胀疼痛等4周左右可以上班的。一生活中注意调养，按时作息，少熬夜，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，进食营养丰富的饮食，比如蛋类，肉类，鱼类等高蛋白饮食，保持局部卫生，保持大便通畅，忌食辛辣等刺激性食物，避免久坐久站。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
治疗肛瘘要住院术后一周抗感染治疗，两天做好术前准备然后进行手术，所以都是9天左右就可以出院了。出现了之后，也是要继续消毒，继续坐浴治疗，因为没完全长合，挂线也还没掉出来。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
一般治疗的时间和严重程度有关的，有的可能在一周到半个月左右的不等，需要定期到医院复查，平时一定要注意个人卫生避免感染，肛瘘的主要原因是肛周脓肿，直肠肛门损伤，肛门裂反复感染等因素导致的。