肛瘘的特点是病情反复发作、病程缠绵、病情复杂。由于瘘管大多呈弯曲形，使引流不畅，外口容易闭塞，出现假性愈合；当脓腔压力大时，脓液可流向括约肌间隙而蔓延扩散、形成新的脓肿，破溃后成新的外口，病程缠绵的瘘管可有多个外口、多个分管或演变成高位复杂肛瘘。
流脓是常见的肛瘘症状：脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠，味臭，色黄，以后逐渐减少，时有时无，呈白色，质稀淡。如忽然脓液增多，表示有新瘘管生成。有时外口暂时封闭，流脓停止，体温上升，局部肿胀，再度形成脓肿。
流脓是主要症状。脓液多少与瘘管长短，多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。
轻微肛瘘临床表现是常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。
瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。疼痛：若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。硬结或瘢痕：由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。