使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
此药服用2到3周。之后再根据病人的反应看是否需要调整剂量，每周以10mg量递增，每日最大量可达50mg/d。在强迫性神经症患者中，正常剂量20mg/日，每周以10mg量递增，每日最大剂量可达60mg。惊恐障碍患者因其早期症状可能加重，从10mg/d剂量开始，根据病人的反应，每周以10mg量递增，正常剂量为40mg/日，最大剂量可达50mg/日。
长期使用盐酸帕罗西汀片可能会出现胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕等。少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。然停药可见撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、呕吐和胃肠胀气；其他还有乏力、性功能障碍(包括阳痿、性欲下降)副作用。低钠血症者较少见，主要发生在老年人，通常在停药后迅速恢复。而且在维持治疗期间药物剂量未变，也没有任何心理社会应激事件，却可能出现抑郁复发。
可能是由过度紧张引起的。可以服用治疗早泄，仍有一定疗效。平时，注意加强锻炼，放松心情，避免过度紧张，多做提肛运动，这有利于改善性生活时间。必要时，去正规医院做泌尿科检查。
区别是，盐酸舍曲林片应用于多种焦虑障碍，盐酸舍曲林片的起效最快，盐酸舍曲林片改善躯体化症状效果显著优于盐酸帕罗西汀片。盐酸舍曲林片具有Sigma受体的亲和作用。
盐酸帕罗西汀片的副作用常见有胃肠道的不适，如恶心、厌食、腹泻等，也可出现头痛、不安、乏力、嗜睡、失眠、头昏等。少数不良反应可有过敏性的皮疹及性功能减退，突然停药可见撤药综合征，如失眠、焦虑、恶心、呕吐、胃肠胀气，还有乏力、性功能障碍，如阳痿、性欲下降等。