肛瘘是因为直肠间隙引起的感染，可发生于肛门周围细菌性感染或发复引起的。一般需要进行手术治疗，或选择药物预防发作。一般低位可以采取挂线治疗，高位肛瘘应该手术切除。平时注意伤口的卫生，多吃水果和蔬菜，不要吃辛辣刺激的食物，多吃可以促进胃肠蠕动的食物，预防便秘的发生。
肛瘘反复发作，肛门分泌物可引发肛门湿疹导致瘙痒，影响生活、工作。肛瘘炎症反复刺激，部分人可出现发热、感染等症状。肛瘘出现感染、发热症状，须尽快就医，查看肛瘘是否局部形成脓肿，如果有脓肿形成，需手术切开引流。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。