良性或早期者无症状，晚期常见症状有腹痛、包块及消化道出血及胃肠道梗阻等。腹腔播散可出现腹水，恶性GIST可有体重减轻、发热等症状。胃肠道间质瘤也是常见的胃肠道肿瘤，恶性程度也会有较大的差异，和癌细胞的分裂程度，和核分裂象都有直接的关系。
分为一代靶向药物、二代靶向药物、三代靶向药物。能够非常有效的抑制癌细胞，也能有效的杀死癌细胞，胃肠道间质瘤可能会导致胃胀或者是胃酸，严重的还可能会出现腹泻的现象。一定要及时治疗。
胃肠道间质瘤不是癌症，胃肠道间质瘤的来源认为是从基层里面的一种特殊的细胞，可以把胃肠道分成四层，最里面的一层来源实际上就是癌，而胃肠道间质瘤来源实际上是第三层。
胃间质瘤即是一种发生于消化道的少见的肿瘤，它属于间叶肿瘤的一种。只要身体条件允许，没有转移，应首选手术，手术后完全可以康复的。以后重在预防复发，不使用致癌物质，像腌制的东西油炸的尤其，像花生，腐烂的水果等，多吃新鲜的果蔬。
分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤术后是需要吃药的，因为术后也是会有一定转移的复发几率，为了把转移和复发率降到最低，所以术后需要用药，中度风险的患者吃药的时间在一年左右，如果是高度复发风险的病人可以吃三年以上。