试管婴儿缺点是试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出，受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大，流产率约高于5%。
试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出第二代试管婴儿受精率高，但优胚率，囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。
试管婴儿的缺点一般有试管婴儿技术的本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天，缺陷率高，或在智力发育方面有差异等。
试管婴儿成功率比较低，而且费用较高。试管婴儿是不影响寿命的，试管婴儿并不是真正在试管里长大的婴儿，而是从卵巢内取出几个卵子，在实验室里让他们与男性的精子结合，形成胚胎，然后转移胚胎到子宫内，孩子只要降生，寿命和自然分娩的没有区别。
第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，一般胎儿都是自然受孕情况下出生。而再好技术皆存在缺点，具体缺点如下：试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出；第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大；流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。而优点是成功率比传统技术要高。