小儿脑炎如果是病毒性的，们要用抗病毒的治疗；如果是细菌，们要抗细菌的治疗；如果真菌，们要抗真菌的治疗。小儿患脑炎，一般的方法是使用一些抗菌抗炎药或抗生素治疗。
小儿脑炎治疗康复后应该吃多补充水分，可给西瓜水，绿豆汤，豆浆，牛奶，米汁，菜汤等清凉流质食物。对高热多汗病儿应勤擦皮肤。用热毛巾定期擦摩骨隆起处(如骶、尾部等)皮肤。
通常来说，小儿脑炎不好治疗。
小儿脑炎是神经内科一种比较严重的疾病，主要表现有发热、流泪、流鼻涕、双眼发红、怕光等，小儿口腔两侧颊粘膜上可能会出现白色小点，在发热第3～4天时，小儿可能会出现红色皮疹，还可能有呕吐，腹泻,咳嗽等表现，由于需要确定小儿脑炎的具体病因后再进行治疗，而且治疗步骤比较多，过程比较复杂，还可能会遗留有后遗症，所以通常来说，小儿脑炎不好治疗。
孩子脑炎的确诊主要是做腰椎穿刺脑脊液化验和结合病史和症状分析判断。要及时给孩子降温处理，化验血象和C反应蛋白，如果是可疑脑炎的话，需要做腰椎穿刺采集脑脊液化验检查分析，判断什么性质的脑炎现象，根据血象化验和脑脊液化验结果考虑用药的问题。
小儿脑炎可能会有后遗症。
儿童患上了脑炎，主要是因为病毒感染，或者是细菌感染。这种病症通常都很重，不过也有一些孩子的症状很轻微，只要治疗一下就能痊愈。儿童脑炎也有一定的副作用，一般都是病情较重的表现，比如动作能力，语言能力，甚至还有癫痫发作等。因此一旦确诊为儿童脑炎，一定要根据原因进行治疗，避免留下任何的隐患。
通常情况下，小儿脑炎后遗症有肢体瘫痪、癫痫、智力低下等。具体情况分析如下：
儿童脑炎有两种情况，一种是化脓性脑炎，另一种是病毒性脑炎。化脓性脑炎的并发症有硬膜下积液，症状为化脓性脑膜炎，在治疗期间体温不升高，病程中前囟门进行性充盈；脑室管膜炎，主要表现为高烧不退，频繁抽搐，甚至是呼吸衰竭；脑积水、前囟门增大、头围逐渐增大、头皮静脉扩张等。病毒性脑炎一般在1-2个星期内痊愈，严重时会出现肢体瘫痪、癫痫、智力低下、失语、失明等后遗症。
另外，单纯疱疹病毒脑炎、乙型脑炎、肠病毒71脑炎的死亡率也较高。