一般情况下，新生儿腹泻可以采用以下方式进行治疗：
出生后28天以内的婴儿称为新生儿。在这个时期，新生儿对感染的抵抗力很弱，容易受到感染。如果发现新生儿腹泻的症状，要马上去正规的医疗机构就医。如果有感染的可能，需要入院，给予抗感染的药物，同时补充水分、糖分、电解质等，以避免进一步的炎症蔓延，最终导致脓毒血症。若新生儿出现轻微的腹泻，需要进行动态的监测，可以服用蒙脱石散来起到防护作用，还可以服用一些常用的肠道益生菌药进行治疗。
出现的腹泻及呕吐首先不能排除是肠胃炎的症状引起的，如果宝宝是母乳喂养很有可能与妈妈有关系的，如果妈妈期间生病，吃了药或者吃了辛辣等食物也会引起宝宝出现腹泻，呕吐等表现的，需要及时带宝宝就医先做个大便常规检查看看。
新生儿腹泻是一种比较常见的疾病，主要是由于着凉，或喂养不当或感染引起的，可以给宝宝服用止泻药，也可使用肚脐贴，要多观察宝宝用药后的不良反应，给宝宝注意保暖，妈妈少吃辛辣刺激性食物。
一般情况下，孩子消化不良的话，建议给他吃点益生菌。平时注意腹部保暖，多喝水，避免脱水的情况。另外要积极通过，健脾胃的药物进行治疗，可以口服鸡内金散，健脾散，思密达，妈咪爱等药物进行治疗。
治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，增加营养的摄入，坚持适量的运动，有利于身体恢复。
生理性腹泻：少量多餐易消化饮食，母乳喂养的妈妈要清淡温热少量多餐易消化饮食，宝宝服用益生菌进行调理。病理性腹泻：考虑受凉引起。需要对症的抗感染输液治疗以及补充液体和电解质治疗为宜。注意卫生，血常规检查，大便常规检查以及血清电解质检查为宜。
大多母乳性腹泻的患儿是比较罕见的，是指新生儿在进食了母乳以后，就会发生腹泻的现象，但是新生儿的食欲已经体重增加正常，精神正常，大便可达十次以上，呈绿色稀便，并伴有奶瓣或者泡沫。对于母乳性腹泻的患儿，多数是不需要治疗的，随着宝宝月龄的增大，胃肠道功能发育逐渐完善，肠道内的正常菌群逐渐的建立，添加辅食以后，腹泻的情况就会好转。