两者在作用和用途上基本是一样的。甲硝唑属于第一代硝基咪唑类药物，替硝唑属于第二代硝基咪唑类药物，还有奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物。替硝唑是甲硝唑的衍生物，甲硝唑是老一代产品，替硝唑是甲硝唑的升级换代产品，替硝唑抗细菌、抗寄生虫的效果比甲硝唑要强一些。
一般来说建议到医院检查确认病情，在医生的指导下用药。
妇科疾病的种类是非常多的，前方不能随便的选择一些药物，虽然大多数的女性都会选择使用甲硝唑，但是也要咨询医生之后再进行选择，替硝唑和甲硝唑都是妇科手术及口腔手术等术前预防用药，以及肠道及肠道外阿米巴病、阴道滴虫病等的治疗。
注意事项及禁忌：要注意保持阴部的清洁，避免不洁性生活。也可以接种HPV疫苗。不要经常吃一些刺激性的食物。
替硝唑氯化钠注射液的作用是对原虫及厌氧菌有较高活性，对脆弱拟杆菌等拟杆菌属、梭杆菌属、梭菌属、消化球菌、消化链球菌属、韦容球菌属及加德纳菌等具有抗菌活性，可以抑制大多数的厌氧菌，微需氧菌、幽门螺旋杆菌对其敏感。
甲磺酸左氧氟沙星和替硝唑的作用不同，左氧氟沙星主要针对的是一些杆菌的感染，同时包括不典型致病菌，比如支原体、衣原体等病原体的感染，替硝唑在临床当中主要是用于厌氧菌的感染，如腹腔、牙龈、盆腔等部位的感染。因此二者所覆盖的抗菌谱不同，临床选用时需要结合患者的感染部位以及感染的病原体，同时结合药敏的结果进行选用，并给予相应的药物治疗。
甲硝唑主要是用于治疗和预防厌氧菌引起的感染。通常对于滴虫性的阴道炎，细菌性阴道病，女性的生殖道，泌尿道感染，有一定的治疗作用。还有口腔科的疾病，比如牙龈炎。