巧克力囊肿最大的症状就是痛经，也可以表现为不孕，月经异常等其治疗需要根据年龄，症状以及生育要求等全面考虑，病变轻微，症状不明显的可以随访观察，痛经明显地可以药物治疗，有生育要求的可以采用保留生育功能的手术治疗。属于需要保留生育功能的，可以采用能够保留生育功能的手术方式，切除患病部位保留卵巢，既保留了生育功能，又保留了卵巢功能。
巧克力囊肿一般指的是子宫内膜异位囊肿。通常情况下，患者做完子宫内膜异位囊肿腹腔镜手术后，1-2周左右就能恢复。具体情况分析如下：
子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，由于腹腔镜是创伤小、恢复快的微创外科技术，患者做完手术后，一般恢复时间较短，一般一般1-2周左右就能恢复，可以继续工作和生活。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。
一般建议手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
腔镜手术治疗巧克力囊肿大多数人都是可以的，腹腔镜检查手术治疗能比较彻底的治疗巧克力囊肿，手术的效果要巧克力囊肿穿刺效果要好很多，术后第二个月就可以开始备孕，生孩子具体的手术费用因为各地的消费不同，费用的问题当地医院的主治医生。
卵巢巧克力囊肿做完微创手术，切口一般需要5天到7天的时间就可以拆线了，一个月的时间就能够恢复的。术后饮食宜清淡，多吃水果蔬菜，多服用一些高蛋白食物，适当活动。术后要注意休息，注意饮食，一个月之后，就可以复正常了。