治疗的目标为解剖症状和控制心律失常。当出现左心室偏心性肥厚、左心室功能受损时，应当注意心力衰竭的发生，此时应进行抗心力衰竭的治疗。梗阻性心肌病考虑手术治疗，作室间隔肌纵深切开术和肥厚心肌部分切除术以缓解症状。近年来试用双腔永久起搏器作右心室房室顺序起搏，以缓解梗阻型的症状。
通常情况下，肥厚型心肌病的患者可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
使用药物：肥厚型心肌病是一种原因不明的心肌疾病，特征为心室壁呈不对称性肥厚，常侵及室间隔，心室内腔变小，肥厚型心肌病的患者可以按照医嘱使用β受体阻滞剂和非二氢砒啶类钙离子通道阻滞剂等药物进行治疗。
日常护理：肥厚型心肌病的患者还应注意休养，避免劳累，还可以适当的进行运动，以促进身体的恢复。
通常情况下，神经性皮炎肥厚可以通过药物治疗。
神经性皮炎发痒明显，患者常常因为刮痧，刮痧等刺激，可造成皮肤肥大。为了防止皮肤损伤进一步增厚，先要处理发痒问题，患者可以使用非索非那定、氯雷他定、奥洛他定、复方氟米松软膏、复方丙酸氯倍他索乳膏等各种各样抗组胺药，并且，当增厚皮肤皮肤损伤尤其明显时，还可以采用封包方法进行治疗。
左心室肥厚可用药物和手术治疗，左心室接收来自左心房的含氧血，再把之泵入大动脉以把含氧血供应全身。在此途中，含氧血会经过两个活瓣，一是位于左心房和左心室之间的二尖瓣，另一个就是位于大动脉的大动脉瓣，它们都用以防止血液倒流。
肥厚型心肌病药物治疗是最基础的方法。治疗主要在于改善它的症状、减少合并症和预防猝死的发生。治疗方法根据个人临床表现和病情严重程度需要个体化。饮食方面要注意多吃一些有营养的食物。
肥厚型心肌病梗阻一般指肥厚型梗阻性心肌病。而肥厚型梗阻性心肌病患者感冒可以通过一般治疗、使用药物等方法进行治疗。
肥厚型梗阻性心肌病特征为心室肌肥厚，典型者在左心室，以室间隔为甚，偶尔可呈同心性肥厚。左心室腔容积正常或减小。偶尔病变发生于右心室。如果肥厚型梗阻性心肌病患者感冒了，但症状比较轻微，可以多喝温水，有助于缓解症状；但如果症状较重，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有感冒清片、感冒灵颗粒等。