HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。根据感染的部位和类型，治疗是不同的。长在外阴、阴道、肛周的HPV低危型的病毒，可以观察，不用治疗，宫颈HPV低危型的病毒也可以观察，不用治疗。但是高危型宫颈HPV感染需要定期复查，可以采取更积极的治疗办法，如微波治疗、光动力治疗、局部封闭或者是涂药治疗等。
HPV持续感染不一定就会癌变，但是女性HPV病毒感染是引起女性宫颈癌的主要原因，所以如果是长时间存在人乳头瘤病毒感染的情况下，就需要积极的使用干扰素来进行治疗，这样才能避免癌变的可能。
HPV持续感染，HPV分低危型和高危型，低危型HPV持续感染，会导致生殖道尖锐湿疣的发生；高危型HPV持续感染，会导致宫颈上皮内瘤变，甚至宫颈癌的发生。可将病变处做电凝、激光或冷冻等消融治疗；对于高级别病变者应积极做宫颈冷刀锥切术。
hpv持续感染到宫颈癌，宫颈癌是子宫颈被人乳头状瘤病毒（HPV）感染所致。虽然宫颈癌和HPV之间存在着相关联系，但不是所有感染了HPV的女性都会患宫颈癌。在日常生活中，凡是有性生活的女性，都有可能通过性接触，将HPV带到她们的生殖道内。60％～70％的女性，在其一生中都感染过HPV，但这种感染通常是一过性的。即在1年－2年时间病毒就会自然消失。
一般hpv病毒感染是可以转阴的，但如果持续感染高危型hpv病毒感染，有可能会诱发宫颈癌。所以还是需要积极进行治疗的。建议可以遵医嘱进行治疗，抗病毒治疗一般治疗周期为三个月，治疗三个月后，再去医院做hpv病毒检测看是否消退。药栓可以治疗宫颈糜烂，治疗周期因人而异的和个人体质以及恢复有关系，治疗期间避免性生活。
高危型HPV持续感染10年的治疗方法为，选择使用干扰素，具有广谱的抗病毒和局部的免疫调节作用。也可以根据临床上活检后存在的病变级别，使用冷冻、激光、利普刀进行局部的治疗。