对于停药的标准，是能够确定患者在停药之后不会出现病毒再复制。最靠谱的是乙肝五项中的乙肝表面抗原变成阴性，而乙肝表面抗体变成阳性，但使用核苷类似物一般无法达到这样的效果，所以可以联合使用干扰素进行治疗，一部分人可能会达到这样的效果，但是这部分人数量很少。
乙肝小三阳抗病毒治疗主要目的是抑制病毒复制，减少传染性，改善肝功能，提高生活质量，减少或延缓肝硬化、肝衰竭、肝癌的发生，符合适应证者应尽量抗病毒治疗。其停药指征包括：肝功正常；病毒定量阴性；HBeAg出现血清学转换，出现HBeAb，这称为完全应答，抗病毒治疗病例中不超过30％。临床治疗时间目前倾向于长期用药，出现耐药后及时更换抗病毒药物。
乙肝抗病毒治疗的停药标准规定，肝功能恢复的基础上，主要是参考谷丙转氨酶复查的基础上要达到双达标。双达标指乙肝病毒DNA转阴和E抗原转阴，甚至发生e抗原的血清转换，就是平常说的大三阳转为小三阳，达到这两个条件叫做双达标。
治疗乙型肝炎病只有服用某种药物，这药治疗的一般疗程为一年，但疗程可根据表面抗原的定量情况适当缩短或延长，以达到临床治疗。根据乙型肝炎病毒定量、肝功能恢复和抗原，这些药物可在到达疗程后停用，但延长疗程可减少复发。抗病毒治疗期间需要定期复查以监测病情。
服用恩替卡韦抗病毒治疗已经3年，需要进行检查，检查提示肝功能正常、一直保持阴性，按照慢性乙肝防治指南的标准，可以考虑停药，停药以后，仍需定期3到6个月复查肝功能及HBVDNA，期间有不适随时就诊。
如果乙肝病毒停药后爆发，只能再次使用，因为目前抗病毒药物只能抑制病毒，不能杀死病毒，只能再次用于复发。乙肝病毒感染后，病人有很多种。大多数患者在没有抗病毒HBV基因的情况下会变成阴性，但是少数病人仍然需要长期治疗。用中药治疗抗病毒的同事。