药物是灰指甲治疗的常见方法，其中又以口服药较为普遍和常见。与其他治疗方法不同的是，灰指甲口服药通常用于病甲损害严重、病甲较多和局部用药效果不佳者，避免了每天涂药的烦恼，轻松方便等优点。为避免盲目服药造成的副作用，病人较好应在医生的指导下服药，尤其是患有肝脏疾病者及孕妇、哺乳期妇女要特备慎重。
醋酸对治疗灰指甲是有用的，可以用冰醋酸清洗灰指甲。冰醋酸就是指纯的醋酸，也就是说醋酸的含量为100%。由于冰醋酸具有较强的酸性，可以抑制真菌的生长，所以可以使用30%浓度冰醋酸来治疗灰指甲，具体用药，谨遵医嘱。但是疾病也有可能会复发，还是需要配合使用一些抗真菌的药物治疗。
治疗灰指甲需要早期，系统治疗，需要使用抗真菌的药物。灰指甲医学名甲癣与真菌感染有关，因为真菌侵犯指甲的因素。导致指甲出现发黄增厚，不规则脱屑，变形。对于此病，如果不及时治疗，有可能后期会导致指甲出现不可逆的变形，无法彻底恢复，因为此病会导致传染，一旦确诊需要注意卫生，切断传染源，用过的物品必须严密消毒，需要通过中西药结合的方法，配合刮甲以及封包的方法。
灰指甲本身是真菌感染引起的，中药没有专门针对真菌治疗的药物。用中药的话也只能是清热解毒类的药物，可以起到辅助治疗的作用，需要用特比萘芬片，或者灰黄霉素，进行抗真菌药物治疗，按照规定的疗程用药，注意肝功情况。
可将病指甲浸入温水5分钟，把指甲泡软，用剪刀剪去或刮去可以除去的病指甲，将病指甲插入10%冰醋酸浸液15分钟。每日3次，一周即可见效。如未痊愈，可按上法再治一个疗程。为节约时间，也可以用10%碘酒或30%冰醋酸溶液病点涂指甲上。浸入10%冰醋酸溶液，或10%碘酒或30%冰醋酸溶液点涂病甲感到有点疼痛，应坚持下去。如果脚趾甲患有灰指甲，用此法同样有效。
