卵巢囊肿治疗比较好的方法是手术治疗。对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
卵巢囊肿以手术治疗为主，卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的种类，分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿需要手术治疗。卵巢的恶性肿瘤，及时采用彻底的手术治疗的方法。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
卵巢囊肿常见是良性的，恶性的很少，长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。如果尺寸比较小，可以采取一些药物进行活血化瘀治疗，定期复查。如果尺寸比较大，就需要通过手术处理。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。