卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿可采用卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术等手术治疗。可根据患者的囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能等因素而定。恶性卵巢囊肿可术后腹腔内注射化疗药物治疗。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
右侧卵巢囊肿，如果是直径在5厘米以下，没有出现下腹痛的情况，先观察。如果是卵巢囊肿直径在5厘米以上，或者是伴有下腹痛的情况，也是需要及早给予手术治疗的。卵巢囊肿的形成，主要是由于卵巢炎症而引起的，所以当急性期发生卵巢囊肿的时候，最好给予消炎的药物和理疗的方式治疗，卵巢囊肿有可能经治疗后会缩小甚至消失。
对卵巢囊肿的中医治疗是从整体观入手，硫肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒，全面调节内分泌使气面血活，活跃脏腑，经络为本，气血为用，气血是肌体的物质基础。卵巢囊肿中医辨证属血瘀肿块。可以用活血化瘀的中药进行调理，或者使用消瘀散结的中药等治疗。日常生活中要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激油腻的食物。