三个月宝宝睡觉老是摇头可能是缺钙、窒息缺氧病史等原因导致的。
1.缺钙：如果家长没有及时给三个月宝宝补充维生素D，可能会影响钙的吸收，容易导致缺钙，可能会引起神经兴奋性增高，导致睡眠不安，从而出现睡觉老是摇头的症状。
2.窒息缺氧病史：如果三个月宝宝出生的时候有窒息缺氧病，可能会影响正常的脑部功能，容易影响睡眠状态，从而出现睡觉老是摇头的症状。
宝宝三个月睡觉老是动可能是正常的生理现象，也可能是存在疾病。
一般来说，孩子在晚上睡觉时喜欢翻身，但是并没有出现任何的异常和不舒服的表现，说明孩子的身体状况并没有问题，所以妈妈们也不必太过担心。别看孩子这么小，但是他也会选自己喜欢的位置睡觉，有时候孩子也会做梦，有时候孩子会睡着了，他的腿会乱蹬，他的脑袋也会乱撞，但是他却不会感觉到疼痛。但是如果孩子出现大量出汗、晚上哭闹、烦躁、漏斗胸等异常情况，应考虑是不是缺钙。最好是到医院进行检查，进行相关的化验，如果孩子只是抽搐，没有出汗，也没有哭闹，也没有出现烦躁不安的情况，那就是很正常的情况。
一般情况下，宝宝三个月睡觉老是摇头可以是以下原因导致的：
宝宝三个月睡觉老是摇头，这就是维生素D和钙质的经典表现。缺乏维生素D和钙质的宝宝三个月会导致神经肌肉的兴奋，主要是由于汗腺的分泌增加，汗珠会刺激到头部，如果觉得痒，就会在枕头上来回的晃头，导致宝宝三个月睡觉老是摇头。还有就是睡眠浅、睡眠不安详，稍有一点声响就会惊醒，也会导致宝宝三个月睡觉老是摇头。
婴儿晚上啼哭，主要是由于婴儿没有吃饱、尿布污染、包裹过严、肠胃不舒服、消化不良等引起的，也有可能是由于儿童的神经系统尚未完全发育，导致晚上哭闹，但是吃奶、大小便、体重增长都属于正常现象，可以通过对孩子进行抚摸、按摩，来缓解孩子的紧张情绪，晚上不要用强烈的声音来刺激。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
三个月的宝宝睡觉老是一惊的原因比较多，需要对因治疗，具体内容如下：
1.中枢神经系统发育不完善：三个月的宝宝睡觉老是一惊一种很常见的生理现象，不需要特别的治疗，一般是随着宝宝月龄的增长，中枢神经系统的发育成熟，这种症状就会慢慢的消失。
2.环境因素：宝宝睡眠时环境太过明亮，环境太吵，需要改善睡眠环境，降低室内的灯光，保持室内的安静，这样宝宝睡眠时受到惊吓的症状也会有所缓解。
3.维生素D缺乏或缺钙：大脑皮层兴奋性升高，容易导致三个月的宝宝睡觉老是一惊。需要多晒太阳，同时要注意补充维生素D和钙质，补充足够的维生素D和钙质，睡眠中经常受到惊吓的症状也会逐渐好转。
三个月的宝宝睡觉老是摇头一般是缺钙、湿疹、植物神经紊乱等原因导致的。
三个月的宝宝处于成长发育的重要阶段，如果平时进食不当可能会导致三个月宝宝缺钙，造成交感神经兴奋，引起三个月的宝宝睡觉老是摇头。三个月的宝宝身体新陈代谢比较快，可能脖颈部出汗较多，此时可能会导致湿疹，造成瘙痒，引起三个月的宝宝睡觉老是摇头。同时三个月的宝宝神经发育不成熟，可能会出现植物神经紊乱的情况，造成三个月的宝宝睡觉老是摇头。