口腔溃疡的治疗主要是促进愈合，减少复发。促进愈合的治疗，主要有两个方面，一是预防感染，可以含漱抗感染的漱口水。二是促进黏膜修复，局部应用生长因子喷雾剂贝复剂，副作用较小效果好。特别是深大溃疡，长期不愈合的效果肯定；促进黏膜修复也可以局部应用激素，激素副作用较大，不能长期使用。减少复发，主要是西药调理免疫功能，中医中药辩证调理。局部减少创伤，防止形成溃疡。
口腔溃疡的发生主要与免疫力低下，维生素缺乏有关，溃疡具有自限性，一般7天到10天可以自愈，平时多吃蔬菜水果，补充维生素提高免疫力，可以有效的减少口腔溃疡的发生。反复发生的口腔溃疡，可以适当的应用激素类药物进行治疗，平时不要吃辛辣刺激的食物。
口腔溃疡期间不可以抽烟。抽烟会加重溃疡的病情，不仅使疼痛感更加的剧烈，而且也不利于口腔溃疡的恢复。任何的刺激都不利于溃疡的恢复，最好能够进清淡饮食，同时还要注意休息。
如果口腔溃疡越来越大，应该做好治疗措施，并且应该做好消炎消毒工作，更应该到医院输液治疗，如果口腔溃疡继续增大，都有可能造成溃烂的现象，也有可能影响自己的饮食和睡眠。
蜂蜜疗法，清洁口腔，用消毒棉签将蜂蜜涂抹在溃疡表面，涂抹后15分钟内不要吃喝。苹果疗法。将苹果切成薄片，放入容器中，加入冷水，加热煮沸，冷却后在口中保存一段时间。黑木耳疗法。取黑木耳、山楂，加水煎煮，用汤食用黑木耳，每天1-2次。