治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。
疣多由人类乳头瘤病毒感染引起，可以通过皮肤的微小破损自身接种传染，从而越来越多，是具备传染性的，发现就要尽早治疗。治疗的方法主要有：药物治疗；光动力学疗法，系统或局部外用光敏剂，光照后引起局部细胞死亡，可治疗部分寻常疣、尖锐湿疣；物理疗法，冷冻疗法、电灼疗法、激光治疗、红外凝固治疗适用于数目少的寻常疣和跖疣。个别巨大疣体可行手术切除术。
寻常疣也就是俗称的“刺瘊”、“瘊子”等，在治疗中主要以破坏疣体为目的，可以按照状况进行全身上下或者局部治疗，可以通过艾灸、刮除术、鸡眼膏、电灼、冷冻等方式进行治疗，可以取得一定的效果，在治疗期间，要避免感染。疣是需要治疗的，多采取外用腐蚀性药物治疗，或者是针灸治疗，注射药物治疗，也可以考虑手术切除治疗冷冻激光等治疗方法，可以去附近医院的皮肤科进一步的检查一下，根据病情部位选择合适的治疗方法，平时也需要均衡饮食，清淡饮食，戒辛辣油腻刺激性食物。
使用冷冻法治疗尖锐湿疣症状的时候，如果有疼痛的情况出现的情况下，也可以使用止疼药物来进行治疗。另外在治疗的时候要避免有性生活的情况出现，要注意把贴身的衣物做消毒处理，清淡饮食，避免吃辛辣刺激食物。