治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
病毒疣由HPV病毒感染而来，HPV病毒寄生在正常人体表面，需积极治疗。
病毒疣指感染人乳头状瘤病毒后皮肤黏膜部位出现疣状赘生物的一种疾病，病人可以根据医生指导使用鬼臼毒素或咪喹莫特进行治疗，可以改善患者瘙痒不适的症状，如果不积极治疗，症状可能会长时间持续，还可能引起宫颈病变。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位、疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部、手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。
脚上长病毒疣比较小，可以考虑局部激光或者电烧、冷冻治疗。如果是较大的、单个的跖疣，可以外科手术切除，也可以局部外用药膏治疗。直到消退，可出现局部的疼痛、红斑、色素沉着等副作用，尽可能少走路，休息时将脚抬高利于恢复。需按照疗程重复治疗。
