传染性软疣通常没有最好的药，药物治疗方面可以使用阿昔洛韦片、碘酊、苯酚等。
遵医嘱服用阿昔洛韦片对传染性软疣病毒的治疗有效。也可以用镊子挤出损伤中心乳酪状物质，然后用牙签蘸上酚或碘酊滴在挤空损伤处，一星期左右可愈合。如损伤为小丘疹，可用牙签蘸上少许苯酚，需要2~3天后再少许涂抹，通常经过10多天即可治愈。
传染性软疣的诊断方法是进行病毒的细菌培养和病毒的DNA分析，可以用表传染性软疣的感染性病毒粒子和抗原检测方法来判断。
电子显微镜下，组织切片，阳性。
组织学检查：临床表现为感染性的软疣。
感染性的软疣，可以通过挤压干酪样物质，瑞特染色的软疣小体（+）进行检测。
一般没有“传染性软疣怎么治疗最好”的说法，患者可以通过以下方式进行治疗：
1、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗。
2、冷冻治疗：患者也可以采用冷冻治疗，利用低温是疣体坏死。
，从而达到治疗的目的。
患者平时加强营养，多食蔬菜、水果，多饮水。
常可以外用肽丁胺软膏、咪喹莫特乳膏、5%5-氟尿嘧啶乳膏等，都有很好的治疗效果。
除使用以上药膏以外，还可用小镊子夹住受损软疣小体，将其挤出或挑出，然后点入浓石炭酸或三氯醋酸，并按压止血。如果疣体较小且分布广泛，可涂上10%碘酊，每天2-3次，平时患者应对使用过衣服或用具进行消毒。
一般没有“生殖传染性软疣怎么治疗最好”的说法，患者可以通过药物治疗、物理治疗等方式进行治疗。
1、药物治疗：患者可以在医生指导下使用氟尿嘧啶乳膏、重组人干扰素α2b注射液等药物进行治疗。
2、物理治疗：患者可以通过冷冻治疗、光动力治疗等物理方式进行治疗。
治疗期间，患者应该避免同房，衣物药分开清洗。
胳膊长了传染性软疣通过外用药物、物理治疗是比较好的。维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、冰醋酸或30％三氯醋酸溶液等外用药物，能够有效消除皮肤上的赘生物，但是患者应在医生的指导下坚持使用，同时数目较多的患者可以遵医嘱采用激光、液氮冷冻、电灼等物理治疗方式来改善症状。