治慢性结肠炎的方法有一般治疗、药物治疗等。
慢性结肠炎是一种慢性、反复性、多发性、因各种致病原因导致肠道的炎性水肿，溃疡、出血病变。日常生活中要注意不能食用辛辣、刺激性的食品，也要避免食用生冷的食物，还要避免着凉。必要时患者可以遵医嘱使用结肠炎丸进行治疗。如果症状比较严重，建议患者及时前往医院就诊，日常多吃蔬果。
属于一个清热解毒药，具有治疗肠炎的作用，治疗的肠炎，绝大多数应该属于这种细菌性肠炎，对于其他例行的肠炎，比如真菌、阿米巴一些肠炎的效果可能就比较差，因此对于有肠炎的人想要进行治疗的时候，选择它还是可以的，但是因为这个病情的疗效可能有差异。
治疗直肠炎，首先要注意脂肪和膳食纤维低的食物。因为患有直肠炎往往伴有脂肪吸收不良现象，严重者伴有脂肪泻。吃含脂肪太多的食物，除不易消化外，其滑肠作用常会使腹泻症状加重。请到医院做详细检查，在医生的指导下悉心治疗，早日康复。
切勿轻视结肠炎比较好的治疗时间，治疗越早效果越好。结肠炎的众多，而多数人都不注意结肠炎的治疗。中医认为，结肠炎是由饮食不节、精神刺激、感受四时疫情，治疗不当、迁延日久、寒湿热功当量三邪蕴结而成。病程日久、反复发作、顽固难愈、易转癌变。
一般情况下，胃肠炎吃雷尼替丁、吗丁啉、硫酸铝等药比较好，具体内容如下：
有可能出现胃肠炎，可以服用一些能够保护胃粘膜和胃酸的药物。例如：雷尼替丁、吗丁啉、硫酸铝等.需要在医师的指导下服用，避免出现副作用，服用一星期后还没有明显好转，要及时去正规的医院做检查，要注意平时的生活，要做到细嚼慢咽，让食物与口水充分融合，减少对胃粘膜的刺激。吃完饭后要有20-30分钟的时间来进行消化和吸收。
克罗恩肠炎一般可以进行药物治疗。
对于无合并症的克罗恩病患者，其治疗的方针是：全面的支持疗法和减轻相关的临床表现，在运动期间要卧床，给予高营养、低渣食物、停止进食、改善电解质、电解液、静脉高营养支持、贫血，需要服用维生素，b12，叶酸，铁元素，以及低蛋白血症，可以通过注射蛋白质或血浆来抑制肠道炎症，比如甲硝唑，水杨酸柳氮磺吡酯等。一旦有什么并发症，比如肠道阻塞，肠穿孔，甚至是脓疡，都需要做外科治疗。