根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
肛瘘一旦形成比较好的方法就是手术治疗，肛瘘手术最主要的就是找到内口和清除腐肉，才能够治好，否则复发的几率还是比较大的，要找正规大医院进行治疗，平时注意个人卫生。
肛瘘挂线疗法指的是利用橡皮筋等的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的一种手术方式。此方式很大的作用在于不会造成肛门失禁，且可以有效的引流瘘管。此手术方式操作简单，出血少，无需术后换药。
肛瘘一旦形成了就需要行手术治疗了，因为肛瘘它是没有自愈的可能的，而且也无法用药物来把它治好，一旦瘘管形成了，就应该行手术切开术，这样才能够把瘘管治疗好。如果治疗不当，也有可能反复的出现肿痛流脓，另外瘢痕也会很重，所以选择手术也是非常重要的，用什么样的术式也是很关键的，所以肛瘘一旦形成一定要行手术治疗。
由于是大便干燥引起的肛裂，患有混合痔和肛瘘可以在便后使用一些外上的消炎清火的痔疮类的药物，之前有混合痔，肛裂可以选择保守治疗，平时在饮食方面千万不能吃辛辣和过于油腻的食物，应主要以清淡富含维生素c和蛋白质为主，可以多吃一些新鲜的瓜果蔬菜。