肛瘘不能自好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时要避免肛瘘的复发。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
得了肛瘘，要吃清淡的饮食，吃饭时，应尽量吃像粥这样的流质食物或者面条饮食。应以平淡、易消化、柔软而富有营养的食品为主，忌食辛辣油腻的食品，宜进食富有营养的，可多煮一些汤服用，有利于排便，也有利于营养的吸收。
大便时不可突然排出，以免伤口因受到外力骤然改变而出现剧烈的疼痛症状。在大便前可在伤口表面及肛门涂抹软膏，以减轻大便对伤口的摩擦和刺激，大便后应当及时保持局部清洁。