肛周脓肿早期，首先要进行抗生素抗感染治疗，多选用对革兰阴性杆菌有效的抗生素，进行抗感染治疗。可以进行温水坐浴、局部理疗，可以缓解疼痛。饮食方面需要注意，多吃水果、蔬菜，也可以口服药物，减轻排便时候的疼痛感。要完善术前的检查、术前的准备，可以为手术排除手术禁忌症。可以做脓肿切开引流加挂线术，引流通畅；要积极配合，这样才能恢复得好。
肛周囊肿是由于肛周有很多腺体，会分泌一些东西，如果能较通常的排出体外，就没有问题，如果局部排泄不畅，就会诱发脓肿。肛门囊肿一般也因久坐的情况引起的血液循环不好，便秘，经常吃辛辣刺激的东西引起的炎症反复刺激造成的。
肛周囊肿可以去肛肠科或者去外科。这是因为病菌侵袭了肛窦黏膜从而引发纤维化包裹，引发了囊肿形成。需要进行肛诊检查，明确诊断后行局部麻醉下囊肿摘除术，术后清洁换药输液抗炎等药物治疗。
对于肛周脓肿的治疗，肛周脓肿怎么治疗，首先，要想治疗肛周脓肿，应在肛周脓肿形成早期切开。减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延；在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝，在脓肿切口位置选择准确后。利用HCPT技术进行治疗，它具有不开刀、微痛苦、不住院等优点，对愈治疗初期肛周囊肿有一定的治疗效果。
是可以外用抗炎药膏抹。饮食应忌辛辣刺激类：如辣椒等；忌酒类，吸烟（包括被动吸烟）；忌巧克力，咖啡，海鱼，虾，蟹等“发物”；忌过咸类食物，特别是腌制类；忌被污染的食物如不卫生的食物，腐烂变质的，剩饭剩菜等；忌烧烤类食物。
