治疗毛囊炎的方法就是内外法同用。外用抗生素涂抹患处，内服中药调理体质。饮食上要注意少吃酒类及酸、辣等刺激性食物，反复发作者平时应少吃油腻之物，多食蔬菜、水果，增加维生素，保持大便畅通。同时注意个人清洁卫生，加强体育锻炼，增强抗病能力。
毛囊炎吃中药、西药都管用。可以针对性的使用抑制葡萄球菌的药物，比如可以口服四环素、盐酸米诺环素。中药比如一清胶囊、牛黄解毒片、清热散结胶囊。还可以加上防风通圣散、丹参酮胶囊，都有很好的抑制葡萄球菌的作用。
可以采用物理的疗法，像紫外光的照射红蓝光的照射等，另外可以采用手术治疗特别大破溃的时候，可以采用切开引流的方式。另外需要注意的一点是在危险三角的毛囊炎，尽量避免挤压轻微的毛囊炎，散在数量比较少的毛囊炎是可以自愈的。
毛囊炎用盐酸布替萘芬乳膏、硝酸舍他康唑乳膏等软膏进行治疗，同时配合服用伊曲康唑胶囊等药最有效。
毛囊炎通常是毛囊部位出现炎症而引起的皮肤病，通常跟体内细菌感染以及真菌感染有很大的关系，而通过涂抹药膏以及服用药物，通常可以达到治疗毛囊炎的效果，使头皮部位的肌肤变得光滑。
在日常生活中要避免吃油腻以及辛辣的食物，同时也要注意个人卫生。
中医可以治疗毛囊炎，能够起到一定的作用。
中医治疗毛囊炎可以配合医生口服清热解毒或者是排毒养颜的中成药，或者是使用中草药熬水以后，对皮肤进行清洗能够起到比较好的治疗效果。如果感觉效果不是特别的理想，也可以使用抗生素软膏治疗，比如红霉素软膏效果可能会比较好一些。
治疗期间也要注意改善饮食，在饮食上尽量以清淡为主。
一般情况下，专业治疗毛囊炎的方法有药物治疗、物理治疗等，具体内容如下：
对于毛囊炎初期未化脓者，可以外用碘酊，也可以外用百多邦软膏、夫西地酸乳膏等。口服的抗生素有青霉素类，头孢类，大环内酯类，也可以根据药敏试验来选择。在临床上，需要结合免疫调节剂（转移因子口服液）来进行治疗。在疾病初期可以使用物理治疗，如超短波、远红外、紫外线等物理治疗。