一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
人乳头瘤病毒感染可按医生的要求及时用干扰素治疗，亦可服胸腺肽、转移因子之类的药治疗。
对于患者来说，需要选择合适的方法进行预防和治疗，比如外用干扰素，口服胸腺肽、转移因子。此外，也可通过物理等方法加以改进，比如激光或冷冻。如情况严重或者出现并发症，亦可采用手术切除。
治疗过程中，要重视补充人体需要的养分补充，忌刺激性食物。
缺乏特效治疗，主要以全身支持疗法和对症治疗为主。电烧灼是较老的一种治疗方法。过去常用高频电刀或电烙铁烧灼寻常疣、色素痣及其他皮肤赘生物。还可以用中药治疗，中草药对减轻一些病毒性疾病的症状、缩短病程可能有一定的疗效。
人乳头瘤病毒一般指人乳头瘤病毒感染。人乳头瘤病毒感染通常会治愈。
人乳头瘤病毒被感染后，临床可见到寻常疣，跖疣、扁平疣和尖锐湿疣等，一般是可以治愈的，而且部分患者具有自愈性。如果不能自愈，可以遵医嘱外用水杨酸类药物、维A酸类药物等药物进行治疗。
治疗期间规律作息，避免性生活。
人乳头瘤病毒感染可治愈。
人乳头状瘤病毒是可以治疗的，在一定程度上可以用一些有效的抗病毒药物来抑制病毒的生长和增殖，从而达到彻底清除病毒的目的。不过HPV也分很多种，并不是每一种都对人体有害。但高风险的人乳头瘤病毒会引起癌症，要看发病时间和病情的轻重，不能保证完全治愈。