巧克力囊肿的护理要保证充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮肤变得更好，而且卵巢也会更健康。还可以适量喝些红酒：红酒可以促进卵巢活性，从而提高卵子的质量。多吃一些一些豆腐豆浆及豆制品，因为里面含有大量的植物蛋白，可以让卵巢更结实，卵子更健康。
巧克力囊肿属于良性病变，为卵巢肿瘤，虽然良性但存在恶变及转移可能。平时注意月经期卫生，禁止月经期性生活防止经血倒流利于减少巧克力囊肿发生。治疗以手术为主，平时注意生活规律，避免劳累和受凉。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
