巧克力囊肿不进行治疗，对于女性身体的健康的影响还是非常大的，尤其是不够重视疾病，病情越拖越严重，不但会影响到女性的正常生活，导致女性不孕，甚至恶变影响到生命安全，所以必须要选择正规的妇科医院进行治疗。
治疗好看治疗方案与时间，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不治疗囊肿会不断的增大，而且会影响到月经，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是女性较常见的病变之一，如果囊肿较小可以中药治疗，治疗时间因人而异，囊肿较大需要手术，不管是哪种治疗，均有复发可能性。
巢巧克力囊肿小可以不管，但是在3到5公分以上的巧克力囊肿就需要手术治疗，一般在腹腔镜下手术治疗，效果比较好的恢复比较快。平时要注意饮食生活规律，少食辛辣、刺激的食物，增强个人体质。
应去专业的正规医院接受详细的检查，根据囊肿大小做进一步的治疗，囊肿大的话就需要住院治疗，治疗时间要看病人的恢复情况而定，注意调养生活的习惯，忌辛辣的食物，发性的食物应少吃比较好。
巧克力囊肿液体不需要抽离，囊肿直径小于5厘米，如果没有特殊症状，如腹痛等，可以在借助一些避孕药物，能减少月经量，并抑制巧克力囊肿的活性，抑制囊肿的生长，可以使囊肿缩小达到治疗的效果。
西医手术激素疗法；西医认为巧克力囊肿是一种激素依赖性疾病，通常采用手术搭配激素来治疗，激素疗法又被称为“假孕疗法”，主要是让病人产生假性闭经，仿照怀孕期用激素来医治月经，缓解一些症状，激素在一定程度上起到的只是缓解症状的作用，不能达到治好的目的，手术治疗一种是剥离囊肿，一种是脏器切除。
