巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术。手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。有25%病人无任何症状。主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常是由于巧克力囊肿破裂引起的。巧克力囊肿的另一主要症状是月经异常。
出现巧克力囊肿症状要警惕，巧克力囊肿囊壁常常很薄脆，具有一种自发破裂的倾向。破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
卵巢巧克力囊肿症状主要是小腹不适，小腹疼痛，有一个坚实而无痛的肿快；白带异常，色黄异味；月经失常；有时性生活会疼痛；由于会影响卵巢分泌的激素，导致激素的含量变化，导致女性毛体增多以及引导不规则的流血!还有很多换则得了卵巢巧克力囊肿的症状是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象，如果是继续恶化的就会更加危险。但也有少数人无任何症状表现。
巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿，应引起注意。
