免疫性脑炎的患者会出现发热、头痛、精神异常、认知障碍、记忆力下降、言语运动障碍、癫痫发作等症状。
免疫性脑炎主要表现为持续性局灶性癫痫，伴有一定的区域位置特征和对应的脑电波，并伴有相关的脑波变化。临床上以一侧的长期脑炎为主，在神经成像方面有逐渐的进展性的脑部半边萎缩，患者需要积极进行治疗，不要延误病情。
常有发热、头痛等前驱症状。发病时主要表现为精神行为异常、认知功能障碍、近事记忆力下降、急性或亚急性癫痫发作、语言功能障碍、运动障碍、不自主运动、自主神经功能障碍以及不同程度的意识障碍甚至昏迷等。还可出现睡眠障碍，主要表现为嗜睡、睡眠觉醒周期紊乱和白天过度睡眠等。
小儿免疫性脑炎的症状有头痛、发烧、恶心、食欲不振。潜伏期为4-21天，一般为10-14天。病毒首先在单核巨噬细胞中繁殖，然后释放到血液中。大多数人在感染后没有表现出症状，但是血液中的抗体会上升，这被称为隐性感染。有些人有轻微的呼吸道症状。极少数病毒通过血脑屏障引起中枢神经系统损伤和脑炎症状。
免疫性肝损伤的症状对一些有合并伤的肝脏外伤病人，如脑外伤神志不清，多发性骨折伴休克，年老体弱反应迟钝者要提高警惕，以免产生漏诊，肝硬化或肝癌病人轻度外伤即可引起肝破裂，不可掉以轻心，药物性肝损伤可见肝炎表现，而药物诱导的自身免疫性肝炎病人除肝炎的症状外，还可有发热、皮疹、关节疼痛等肝外表现，血清中可检测到较高水平的丙种球蛋白和自身抗体。
主要症状早期有肝大、脾大、黄疸、蜘蛛痣等表现。建议做全面检查，然后使用免疫抑制剂进行治疗基本上都是可以得到缓解的，饮食上少盐少糖少脂肪摄入为主。自身免疫性肝炎是一种特殊类型的慢性肝病。其性别、年龄分布与红斑狼疮相似，且常伴有肝外症状，甚至可见“狼疮”现象，因而推测其发病与自身免疫有关。
