最常见的不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压。不常见的不良反应有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
孕早期感冒畸形率很高。怀孕早期的时候如果感冒，畸形率主要是根据病人的具体感冒症状，如果是持续性的病毒感染，伴有高热的情况，在临床上就有可能会造成畸形的情况。
通常服用到环孢素怀孕第十二周后停药。
若是孕妇因为肾脏移植后需要服用环孢素来抑制排斥反应，在怀孕以后，需要一直服用环孢素，不应该出现停药的现象。可能是因为出现停药的情况，可能会导致肾脏出现明显的排斥反应，严重者会出现肾坏死的情况。若是孕妇在怀孕后出现胚胎停育的情况，服用环孢素进行治疗，需要到怀孕十二周后在进行停药的情况。
目前尚无妊娠妇女使用环孢素有效性的临床大样本研究，但根据小样本研究，孕妇用环孢素并不对胎儿产生很大的影响。在对器官移植妇女使用环孢素的研究中发现，仅可能导致低体重儿和早产。
环孢素的使用肯定是会导致受精卵着床不稳定的，使用药物三个月内不要有性生活怀孕选择环孢素就是调理免疫功能，还有就是有抗肿瘤病毒的一个治疗手段。主要是对于肿瘤疾病或者自身免疫性功能损伤性疾病有一定的效果。
