可引起神经系统疾病，例如肌紧张、震颤、僵硬，还可能出现帕金森综合征症状.对于血压的影响，有时可导致血压偏低或者偏高.这类不良反应较为少见，思睡、乏力、不能把注意力集中、大便干燥、腹部不适、阴茎不能勃起或者射精无力、性冷淡等。
这个药物具有抗癫痫的效果。可以引起嗜睡、疲劳、注意力下降甚至阴茎的勃起异常，还有勃起困难、射精无力和性冷淡。还有一些过敏的反应，比如出现皮疹的情况。再就是可以出现一些锥体外系的症状，出现肌紧张、震颤、僵直、流涎、运动迟缓，还有一些帕金森综合征的出现。
利培酮的副作用主要表现为能够引起患者锥体外系反应，例如静坐不能、震颤、急性肌张力障碍等，可以引起女性催乳素增加而导致月经延迟，甚至闭经。可以引起男性性功能障碍。
临床上放射治疗的副作用比较多，每个病人副作用的具体表现和出现时间有差异性，如果是黏膜反映在放疗后2周左右出现，而白细胞下降出现时间相对偏晚，如放疗后病人出现疲乏、食欲下降等症状，出现时间相对更晚一些。
利培酮会导致失眠。
利培酮是治疗精神分裂症和其余精神疾病最常用的药物之一。服用利培酮的患者会失眠，这是不良副作用之一。如果患者失眠，建议早上或午饭后服用利培酮，晚上睡觉前服用少量安眠药，如雌唑仑、配必隆和克隆，以改善睡眠治疗。如果上述方法都不能解决失眠问题，可以减少利培酮的使用量，使用奥氮平等其余镇静作用强的抗精神病药物进行治疗。
