头颅磁共振可以检查脑血管病、脑炎、脑肿瘤、脑外伤、脱髓鞘疾病、神经系统变性病等。头颅磁共振可以做血管成像，主要可用于颅内血管狭窄或闭塞、颅内动脉瘤、脑血管畸形的诊断。磁共振能显示人体任意断面的解剖结构，可以提供冠状位、矢状位和横位三维图像，清楚显示脑干小脑等后颅窝病变。
肝脏磁共振检查通常是用于肝脏内的肿块性质不明确时进行的，临床上对于肝脏内常规检查是做B超来检查的，但B超检查发现的肿块又性质不明确的，需进行磁共振检查并进行增强扫描，大致方法是通过磁共振检查后注射显影剂，观察肿块对显影剂的吸收和显影程度来判断性质。磁共振检查时不要戴金属，不要活动。
核磁共振检查是脊柱系统疾病的一种非常常见的辅助检查方式，由于对软组织以及骨骼系统均有良好的成像效果，所以，主要用于检查脊柱脊髓神经以及周围软组织的病变。磁共振对于脊柱系统疾病的检查范围非常广泛，胸椎磁共振检查主要用于胸椎结核，胸椎的骨折脱位，胸椎段脊髓神经的病变以及损伤，胸椎及胸椎周围的良恶性肿瘤、转移瘤以及胸椎周围软组织、韧带的急慢性损伤等。
所有的矮小症都需要做核磁共振检查，垂体是分泌生长激素的地方，如果垂体发育不良或者外伤会导致生长激素分泌减少，而矮小症需要排除垂体的微腺瘤才能治疗。
除此之外，还需进行激素分泌检查，通常需要明确出现该病症的病因，并对症进行治疗。平时，家长需要注意保持宝宝营养摄入均衡，可适当运动，促进身体吸收，可以改善病症。
骨折可以使用磁共振检查。磁共振成像检查，由于对软组织滑膜、血管、神经、肌肉、肌腱、韧带、和透明软骨的分辨率高，用于滑膜、血管和肌肉、筋膜的炎症、滑膜囊肿和透明软骨变性、剥脱及骨糜烂破坏与缺血性坏死、颈椎和髓核病变、膝关节半月板和十字韧带损伤、类风湿的神经并发症及骨髓炎等的临床检查。所以如果出现骨折也是可以采用磁共振进行检查的。
可检查盆腔所有的脏器，子宫、附件、直肠以及膀胱。核磁共振检查是一种比较特殊的成像检查方法，对人体肌肉组织病变有很好的效果。做盆腔检查前不需要做特别的准备，但注意检查时不要佩戴金属物品，不佩戴眼镜、项链、手表、耳环。