体外碎石的危害主要是会出现肉眼血尿，膀胱刺激症以及肾绞痛等。另外也可能会出现肾包膜下血肿，极少数严重的可能出现肾破裂。甚至会对输尿管造成损伤，有导致肾萎缩的潜在风险。
长期的体外冲击波碎石可能造成输尿管粘连或者肾脏纤维化，造成肾功能损害或者输尿管狭窄、粘连等。同一部位反复碎石有可能造成输尿管损伤或肾脏损伤，患者出现肉眼血尿或者腹痛症状。体外冲击波治疗较大的结石，可能会产生石阶，导致患者输尿管完全梗阻。体外冲击波碎石治疗时可能因随呼吸活动而定位不准。
体外碎石后生活上也要多加注意，要多饮水，手术后应该进行应每天饮水2500毫升以上，增加尿量，稀释尿中的结晶，使其容易排出体外，同时即使会再形成的细小结石也可及早把它从尿中冲刷出去，使其不至于在体内聚集增大增多。
肾结石，若是直径较小，可以体外碎石，但若是结石较大，则不建议。
肾结石是否可以体外碎石要看具体情况，一般来说，体外碎石的肾结石一般是体积较小的肾结石，梗阻不严重的肾结石可以通过体外碎石来治疗，而且体外碎石需要输尿管没有梗阻性疾病才能起到很好的效果，如果是体积较大的肾结石或者已经出现严重梗阻的肾结石，则不宜进行体外碎石。因为这种病人的体外碎石效果并不是很好，主要是手术治疗，输尿管梗阻性疾病也不适合。
体外碎石可以住院，也可以不住院。这要看结石的大小，或者是病人的情况。如果病人是比较年轻的，身体状况比较好的，石头也比较小，可以不需要住院。如果病人身体本来就不是很好，或者是有高血压、糖尿病或者心脏病对体外碎石风险比较高。
体外震波碎石可能引起肾脓肿。
由于有输尿管和肾结石的感染没有得到彻底的控制，体外震波碎石后，细菌会侵入肾皮质，从而造成肾皮质的溃烂，或是其他地方的炎症，而在体外震波碎石的远方的炎症则会通过血液流入肾，从而形成肾脓肿。在进行体外震波碎石之前要做血常规和尿常规检查，发现有无感染，如果不能很好的进行体外震波碎石，那么出现脓肿的几率就会增加，还会引起肾盂积脓，所以在震后要进行消炎处理。出现肾脓肿需要进行抗炎症治疗，需要进行三代头孢菌素类的抗炎治疗，需要进行肾脓肿的穿刺。