由于巴氏腺囊肿可以长期存在，多年不变，如果不妨碍日常生活，则可以定期观察，无需治疗。如果囊肿逐渐长大，或反复感染，经常形成脓肿，可行巴氏腺囊肿造口术，既保留了腺体功能，又引流通畅，防止复发。巴氏腺囊肿剥除术由于摘除了腺体，使巴氏腺的功能丧失，目前多被造口术所代替。
一般情况下，巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，通常能好，但是需要积极进行治疗。具体情况分析如下：
称前庭大腺囊肿发生在女性大阴唇与小阴唇的交接部位，因生理或病理因素造成的腺管堵塞，使囊腔内液体无法排泄而形成的囊状肿瘤。对于此症，可以通过外科和药物的方式来进行。可以选择激光造口术，同时要做好清洗、换衣服、防止感染等。若出现脓性感染，应做切口引流术。可以口服一些中药，同时还可以使用大黄牡丹汤、金银花、紫花地丁、丹皮、赤芍等进行消肿止痛的方法。
消肿的首选方法是在药物消炎的同时行手术切开-造口-引流，还可以采用CO2激光或者微波造口的方法。消肿后还不会复发。其次可选用外用中药洗剂，消炎止痛，但效果较慢，常用于术后护理。
可能会出现囊肿扩散，剧烈疼痛，发热，甚至还可能会出现大小便失调。
巴氏腺囊肿的危害：危害一、前庭大腺位于两侧大抄阴部后部，腺管开口于小阴部内侧靠近未婚女性膜处，因解剖部位的特点，在性行为、分娩或其他情况污染外阴部时，病原体容易浸入而引起炎症。危害二、女性感染了巴氏腺囊肿后如果不及时进行治疗，袭囊肿就有可能会向后侧方向播散，成直肠周围脓肿，有时甚至向直肠溃破。危害三、巴氏腺囊肿在感染时疼痛剧烈，患者还常伴有发热的情况，有的时候甚至大小便都会很困难，炎症严重时可向会阴部及对侧外阴部发展。局部触痛显著，有波动感，腹股沟淋巴结多会肿大。
注意，如果患上这种疾病，就需要及时到医院进行治疗，以免造成病情恶化，危及生命。
一般来说，巴氏腺囊肿可以吃头孢地尼、奥硝唑胶囊、阿奇霉素等药物，具体如下：
巴氏腺囊肿又称前庭大腺囊肿，是因前庭大腺的腺管开口部阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。囊肿小且无感染时，一般没有症状，如果囊肿较大，可有外阴坠胀感或性交不适。通常可采用头孢地尼、奥硝唑胶囊、阿奇霉素抗生素进行治疗。
在治疗期间，应保证营养均衡，饮食以清淡为主，多吃新鲜的水果和蔬菜，多喝水，多吃富含蛋白质的食物，平时要少吃油腻煎炸、生冷食物。
