可能是由于缺乏微量元素引起的，还可能是由于肝肾功能缺乏、贫血、体内有淤血而引起的。但是也不排除指甲受到一些外伤而造成的。同时还可能是由于甲沟炎、心脏病等引起的一些病发症。
恶性的贫血，手部的慢性湿疹，银屑病，扁平苔癣等皮肤病，病程较长会导致指甲变形，出现凹陷以及顶针甲等情况的。另外甲营养不良，咬甲癖也会导致指甲出现凹陷和凹凸不平的情况的。
手指甲凹陷是一种常见的甲畸形，多称作匙状甲或反甲，以甲板变薄，中央凹陷而周围隆起呈匙行为特征。可能是工作时长时间接触强碱性肥皂或石油产品所导致的。也可能是某些皮肤病如湿疹、扁平苔藓、冻疮、黑棘皮病、斑秃等，以及一些系统性疾病如甲状腺功能亢进或低下、梅毒、冠心病、风湿热、伤寒等导致的手指甲凹陷的现象。
是缺铁性贫血的表现，当机体对铁的需求与供给失衡，导致体内贮存铁耗尽，继之红细胞内铁缺乏，最终引起缺铁性贫血。IDA是铁缺乏症的最终阶段，表现为缺铁引起的小细胞低色素性贫血及其他异常。
手指甲上有凹陷的原因可能缺钙，可能是灰指甲，也可能是真菌感染，如果指甲前端或整个指甲成勺状凹陷状态，胃切除以后的贫血，慢性胃肠炎，维生素缺乏等时都可发生，此外，频繁从事酸，碱，有机溶剂等工作的人也可发生，治疗上可使用铁剂。
无名指指甲凹陷可能是外伤、真菌感染、甲根瘤等原因导致的。
1.外伤：无名指指甲凹陷有可能会有凹痕，首先是因为指甲受到了创伤，造成了甲板的扭曲。
2.真菌感染：菌感染是最常见的病因，也是因为一些霉菌会影响到甲板。也会出现甲板变黄、增厚、不规则等情况。
3.甲根瘤：甲根瘤可能会导致甲根部的甲母质受到挤压而导致的，造成无名指指甲凹陷。